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Su producción científica cuenta con más de 90 publicaciones entre artículos originales en revistas internacionales y capítulos de libros (índice H: 40. https://scholar.google.com/citations?user=Bkox9hoAAAAJ&hl=es&oi=ao). Su quehacer científico ha estado enfocado en el campo de la patogénesis bacteriana. Particularmente ha trabajado en dos modelos, el patógeno zoonótico del género Brucella y el agente nosocomial Clostridium difficile. En ambos modelos ha realizado contribuciones que han ayudado a entender los mecanismos utilizados por los mismos para producir enfermedad en seres humanos y animales. En el campo de la brucelosis, sus contribuciones han ayudado a entender los mecanismos utilizados por bacterias del género Brucella para evadir la ruta lisosomal y en su lugar acceder al retículo endoplásmico, sitio final de replicación en el interior de las células eucariotas. Adicionalmente ha contribuido a entender los mecanismos de evasión de la respuesta inmune utilizados por estas bacterias, así como ha abordado diversos aspectos de la brucelosis desde la epidemiología hasta esfuerzos para prevenir esta enfermedad. En esta línea precisamente, participó en forma activa de un equipo de investigación que logró una patente sobre un método para diferenciar animales vacunados de animales naturalmente infectados. En el campo de Clostridium difficile su trabajo ha versado alrededor de los mecanismos de intoxicación que ejercen las toxinas producidas por esta especie bacteriana en células eucariotas. Su trabajo ha ayudado a entender las consecuencias en el desensamblaje del citoesqueleto de actina inducido por la glicosilación de GTPasas monoméricas de la familia Rho así como a describir la existencia de variantes de las toxinas clásicas presentes en varias cepas de importancia clínica. Aparte de estos temas que han marcado su interés central, el Dr. Chaves ha colaborado con diversos grupos de investigación para abordar temas que van desde la patogénesis de infecciones causadas por Haemophilus ducreyi hasta contribuciones en el envenenamiento ofídico.

Adicionalmente a sus contribuciones académicas, el Dr. Chaves ha dedicado una parte importante de sus esfuerzos a promover la investigación y el entrenamiento en enfermedades tropicales en la región centroamericana. Precisamente, del 2003 al 2013 estuvo a cargo de la Red NeTropica la cual financió decenas de proyectos regionales en investigaciones en Enfermedades Tropicales y varias becas de posgrado a nivel de maestría y doctorado. Un recuento de estas actividades fue publicado en la revista PLoS Neglected Tropical Diseases. En años más recientes, junto con la colaboración del Dr. Javier Pizarro, inició esfuerzos para establecer una colaboración científica entre el prestigioso Institut Pasteur, (Francia) y el Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales de la Universidad de Costa Rica. Estos esfuerzos culminaron en la firma de un convenio en el año 2019 que precisamente potenciará actividades colaborativas e intercambios académicos con uno de los principales centros de investigación biomédica a nivel mundial. Actualmente el Dr. Chaves participa en una red que brinda la oportunidad a estudiantes de minorías sub representadas en Estados Unidos para participar en pasantías de investigación y colabora con la Universidad de Carolina del Norte en la coordinación de un programa de entrenamiento doctoral enfocado en estudiantes de nacionalidad Nicaraguense.

El Dr. Chaves también ha estado ampliamente dedicado al entrenamiento de estudiantes mediante la dirección de tesis a nivel de grado y posgrado. A nivel de grado ha sido tutor de 34 estudiantes tanto de licenciatura como de bachillerato en las carreras de Microbiología y Farmacia de la Universidad de Costa Rica, así como de Ingeniería en Biotecnología del Instituto Tecnológico. A nivel de maestría ha sido el supervisor directo de 10 tesis generadas en la Universidad de Costa Rica, la Universidad Nacional y la Universidad Nacional Autónoma de Honduras. Finalmente, a nivel de doctorado ha sido el tutor de 2 estudiantes del sistema de doctorado en ciencias de la Universidad de Costa Rica. Adicionalmente ha servido como asesor y lector de varias tesis de grado y posgrado. De la misma forma, su compromiso con la formación académica se refleja en su amplia participación como docente en cursos de grado y posgrado de la facultad de microbiología de la Universidad de Costa Rica y como profesor invitado en la Universidad Nacional en las carreras de Biología y Medicina Veterinaria.

(https://www.youtube.com/channel/UC0uEXWxxKnY9JzpwrNEXAyA/videos?view_as=subscriber).

Sus contribuciones académicas han sido reconocidas con premios como el TWAS-CONICIT a científicos jóvenes (2001), el premio de la familia De Girolami al mejor artículo en ciencias biomédicas (2004), el premio Aportes a la Creatividad y la Excelencia de la Florida Ice and Farm,  el premio al investigador de la Universidad de Costa Rica (2016) y el premio nacional de ciencia Clodomiro Picado (2021). Adicionalmente, debido a su experiencia en el campo de la patogénesis bacteriana ha formado parte de los cuerpos editoriales de las revistas Infection and Immunity, PLoS ONE y PLoS Neglected Tropical Diseases (editor invitado) y se desempeña como editor en jefe de la Revista del Colegio de Microbiólogos y Químicos Clínicos.

Publicaciones representativas: 

•  Chaves-Olarte, E., Florin, I., Boquet, P., Popoff, M., Eichel-Streiber, Cv. and Thelestam, M. 1996. UDP-Glucose deficiency in a mutant cell line protects against glucosyltransferase toxins from Clostridium difficile and Clostridium sordellii. Journal of Biological Chemistry, 271:6925-6932.
• Chaves-Olarte, E., Weidmann, M., Eichel-Streiber, Cv., and Thelestam, M. 1997. Toxins A and B from Clostridium difficile differ with respect to enzymatic potencies, cellular substrate specificities, and surface binding to cultured cells. Journal of Clinical Investigation, 100:1734-1741.
• Chaves-Olarte, E., Guzmán-Verri, C., Méresse, S., Desjardins, M., Pizarro-Cerda, J., Badilla, J., Gorvel, J.P., and Moreno, E. (2002). Activation of Rho and Rab GTPases dissociates Brucella abortus internalization from intracellular trafficking. Cellular Microbiology, 4:663-675.
• Chaves-Olarte, E., Freer, E., Parra, A., Guzmán-Verri, C., Moreno, E., and Thelestam, M. (2003). R-Ras glucosylation and transient RhoA activation determine the cytopathic effect produced by toxin B variants from toxin A-negative strains of Clostridium difficile. Journal of Biological Chemistry, 278:7956-7963.
• Barquero-Calvo, E., Conde-Alvarez, R., Chacón-Díaz, C., Quesada-Lobo, L., Martirosyan, A., Guzmán-Verri, C., Iriarte, M., Mancek-Keber, M., Jerala, R., Gorvel, J.P., Moriyón, I., Moreno, E., and Chaves-Olarte, E. (2009). The differential interaction of Brucella and Ochrobactrum with innate immunity reveals traits related to the evolution of stealthy pathogens. PLoS ONE 4(6):E5893.
• Martínez-Núñez, C., Altamirano-Silva, P., Alvarado-Guillén, F., Moreno, E., Guzmán-Verri, C. and Chaves-Olarte, E. (2010). The two-component system BvrR/BvrS regulates the expression of the Type IV secretion system VirB in Brucella abortus. Journal of Bacteriology 192(21):5603-5608.
• Moreno, E., Gutierrez, J.M. and Chaves-Olarte, E. (2011). The struggle of neglected research groups: ten years of NeTropica efforts to promote research in tropical diseases in Central America. PLoS Neglected Tropical Diseases 5(7)e1055.
• Quesada-Gómez, C., López-Ureña, D., Acuña-Amador, L.,  Villalobos-Zúñiga, M., Du, T., Freire, R., Guzmán-Verri, C.,  Gamboa-Coronado, M., Lawley, T.D., Moreno, E., Mulvey, M.R. de Castro Brito, G., Rodríguez-Cavallini, E., Rodríguez, C., Chaves-Olarte, E. Emergence of an outbreak-associated Clostridium difficile variant with increased virulence (2015). Journal of Clinical Microbiology, 53:1216-1226.
• Brucella canis Is an Intracellular Pathogen That Induces a Lower Proinflammatory Response than Smooth Zoonotic Counterparts (2015). Chacón-Díaz, C., Altamirano-Silva, P., González-Espinoza, G., Medina, M.C, Alfaro-Alarcón, A., Bouza-Mora, L., Jiménez-Rojas, C., Wong, M., Barquero-Calvo, E., Rojas, N., Guzmán-Verri, C., Moreno, E., and Chaves-Olarte, E. Infect. Immun. December 2015 83:4861-4870
• Quesada-Gómez, C., López-Ureña, D., Chumbler, N., Kroh, H., Castro-Peña, C., Rodríguez, C., Orozco-Aguilar, J., González-Camacho, S., Rucavado, A., Guzmán-Verri, C., Lawley, T., Lacy, B., Chaves-Olarte, E., (2016). Analysis of TcdB Proteins within the Hypervirulent Clade 2 Reveals an Impact of RhoA Glucosylation on Clostridium difficile Proinflammatory Activities. Infection and Immunity.84:856 –865.
• Altamirano-Silva P, Meza-Torres J, Castillo-Zeledón A, Ruiz-Villalobos N, Zuñiga-Pereira AM, Chacón-Díaz C, Moreno E, Guzmán-Verri C, Chaves-Olarte E. (2018). Brucella abortus senses the intracellular environment through the two-component system BvrR/BvrS allowing the adaptation to its replicative niche. Infect Immun.  pii: IAI.00713-17. doi: 10.1128/IAI.00713-17.
• Altamirano-Silva, P., Cordero-Serrano, M., Méndez-Montoya, J., Chacón-Díaz, C., Guzmán-Verri, C., Moreno, E., & Chaves-Olarte, E. (2021). Intracellular passage triggers a molecular response in Brucella abortus that increases its infectiousness. Infection and Immunity, IAI-00004.
• Altamirano-Silva, P., Meza-Torres, J., Zúñiga-Pereira, A. M., Zamora-Jaen, S., Pietrosemoli, N., Cantos, G., Peltier, J., Pizarro-Cerda, J., Moreno, E., Chacón-Díaz, C., Guzmán-Verri, C. & Chaves-Olarte, E. (2023). Phenotypes controlled by the Brucella abortus two component system BvrR/BvrS are differentially impacted by BvrR phosphorylation. Frontiers in Microbiology, 14, 1148233.